Er zijn inmiddels diverse onderzoeken naar de effectiviteit van Plezier op School uitgevoerd.
Deze onderzoeken toonden iedere keer de effectiviteit aan, bovendien gaven deelnemers en trainers een hoge waardering aan de interventie.
Een RCT onderzoek dat tussen 2008 en 2014 is uitgevoerd door de Universiteit Utrecht heeft aangetoond dat 'Plezier op School' effectief is in het verminderen van problemen.
Plezier op School' bleek voor zowel voor jongens als meisjes effectief in het verminderen van internaliserende problemen (problemen zoals angst en een depressieve stemming) volgens ouders. Kinderen zelf gaven een verhoging van zelfwaardering aan. Het programma bleek effectiever naarmate de problemen groter waren, dit geldt m.n. voor jongens. Effecten bleken aantoonbaar op het verminderen van sociale angst, gepest worden en sociale desintegratie (weinig vrienden, zich alleen voelen).
Op basis van deze onderzoeken heeft Plezier op School de beoordeling 'effectief volgens goede aanwijzingen' gekregen in de databank effectieve jeugdinterventies van het NJI